Le Secrétariat Général est placé sous l’autorité du Ministre de l’Economie et des Finances. Il est principalement chargé de l’administration générale du Ministère. Il assure, à cet effet, la supervision des activités administratives, financières et techniques.

Le Secrétaire Général seconde le Ministre dans l’exercice de ses fonctions, notamment dans le domaine de la conception et de la supervision des activités entrant dans le cadre de l’accomplissement des missions et attributions du Ministre. À ce titre, il est chargé de diriger, d’animer, d’orienter et de coordonner l’action des Directions Générales, des Directions, des Services Centraux et Régionaux ainsi que des Services et Organismes qui lui sont directement rattachés.

Sous l’autorité du Ministre, le Secrétaire Général assure le rôle de manager en matière des opérations techniques. Il a pour mission de :

• appuyer la préparation et le suivi de la Politique Générale du Ministère en matière de gestion économique, fiscale, budgétaire et financière ;
• concevoir, piloter, suivre et analyser la politique de l’Etat en matière de gestion et de développement économiques et de développement du Système Statistique National ;
• conduire la planification, la coordination et le suivi-évaluation des programmes de développement du pays à moyen et long terme et la coordination de la coopération au développement ;
• assurer l’appui institutionnel et le développement de partenariat en matière de recherches et d’études au service du développement économique et social de Madagascar ;
• assurer la gestion des finances publiques et le pilotage des réformes y afférentes ;
• assurer la gestion des opérations financières, budgétaires, comptables, d’assistance et d’appui aux logistiques du Ministère conformément aux règles et principes de la bonne gouvernance des finances publiques pour garantir un soutien effectif aux priorités de la politique du Gouvernement ;
• gérer les systèmes d’informations économiques et statistiques, la communication, la documentation et le patrimoine du Ministère ;
• assurer l’administration du personnel, la gestion optimale des ressources humaines et le patrimoine du Ministère ;
• procéder à l’étude, l’analyse, l’élaboration et la protection des normes juridiques ainsi que la gestion des affaires litigieuses ou contentieuses du Ministère pour préserver l’intérêt de l’Administration ; −
• assurer la tutelle administrative et financière des services déconcentrés du Ministère ;
• assurer la coordination du fonctionnement des cellules ou comités techniques rattachés au Secrétariat Général.

Il coordonne les relations du Ministère avec les Partenaires Techniques et Financiers, dirige les réunions du Cadre de partenariat intervenant dans le domaine des Finances Publiques.

Il participe aux missions d’échange ou de négociation avec les Agents économiques intérieurs et peut recevoir délégation du Ministre pour le représenter à ces missions.

A ces fins, il peut recevoir délégation du Ministre pour signer les actes administratifs et correspondances relevant de ses attributions, à l’exclusion de tout acte règlementaire et correspondance engageant l’Etat.

Le Secrétaire Général a autorité sur :

• la Direction Générale de l’Economie et du Plan  ;
• la Direction Générale des Douanes ;
• la Direction Générale des Impôts ;
• la Direction Générale des Finances et des Affaires Générales  ; 
• la Direction Générale du Trésor .

En outre, le Secrétaire Général dispose de :

• la Direction des Ressources Humaines ;
• la Direction des Affaires Administratives et Financières ;
• la Direction des Systèmes d’Information ;
• la Direction de la Coordination et du Suivi des Réformes ;
• la Direction de la Promotion du Partenariat Public Privé ;
• l’Agence de Microréalisation pour le Développement ;
• le Bureau d’Appui à la Coopération Extérieure.

Sont directement rattachés au Secrétariat Général :

• le Service des Affaires Juridiques ;
• le Service Communication ;
• la Personne Responsable des Marchés Publics.

Par ailleurs, le Secrétaire Général dispose d’Organismes Rattachés :

• la Direction de l’Imprimerie Nationale de Madagascar ;
• le Conseil Supérieur de la Comptabilité ;
• l’Institut National de la Statistique ;
• le Centre de Recherches et d’Etudes en Analyse Macroéconomique